供热企业管网建设费申请增值税的操作方法如下：

1.登录电子税务局，进入电子税务局后，点击申报缴纳。

2.进入纳税申报界面后，点击该企业类型适用增值税的申报表，填写申报表。

3.小规模纳税人的增值税免税收入应填写：10行或11行。

4.填写申报单后，在表格末尾的“自我申报”部分选择是或否。如果选择是，则代表企业内部人员进行申报。选择是否自己申报，然后填写经办人员的身份证号。

5、核对无误后，点击申报。