在合并兼并下，合并价差已经分摊到被合并企业的可辨认净资产和商誉(或负商誉)中，不再作为独立项目出现在资产负债表中。编制合并会计报表时(控股合并下)，合并价差有不同的处理方法：

1.将合并价差分为两部分：被合并企业的公允价值和账面价值与商誉(或负商誉)的差额，在有效年度内分期摊销商誉或负商誉，并转入合并利润表。被合并企业净资产的公允价值与账面价值之间的差额，按照资产的使用寿命或负债的存续期进行摊销，并调整相关费用或成本。

2.合并价差不分为被合并企业净资产的公允价值与账面价值之间的差额和商誉(或负商誉)，也不需要摊销，而是作为合计计入合并资产负债表。1995年2月财政部颁布的《合并会计报表暂行规定》规定：“母公司对子公司的权益性资本投资项目金额与母公司在子公司所有者权益中所占份额相互抵销，抵销过程中发生的合并价差作为合并资产负债表中的‘合并价差’项目单独反映(为贷方余额时反映为负数)”。