负输出发票不需要扣除。

第一种情况，卖方开具的销售发票被买方退回或未交付给买方的，由卖方本人向主管税务机关申请，审批后开具的红字专用发票不涉及抵扣，直接抵扣当期销售收入和销项税额。

在第二种情况下，买方向主管税务机关提出开具红字专用发票的申请，经审批后，他将收到《开具红字增值税专用发票通知单》。此时，买方必须按照《通知单》列明的增值税金额临时转出当期进项税额(如果原始发票未认证，则不需要转出进项税额。)，从卖方收到的红字发票连同留存的《通知单》作为凭证。所以已经转出的不需要认证扣费，没有转出的不需要认证扣费。

个人观点，仅供参考。