《关于国内旅客运输服务进项税抵扣等增值税征管问题的公告》(公告2019年第31号)规定，从事国内客运服务的旅客，限于与本单位签订劳动合同的从业人员，以及被用人单位接受的派遣从业人员从事的国内客运服务。

实践中，员工与分公司签订劳动合同，工资在分公司发放，员工的国内客运服务能否在总公司抵扣增值税？

一是分支机构就地缴纳增值税。

《人民共和国增值税暂行条例》(国务院令第134号)规定，总机构和分支机构不在同一县(市)的，应当分别向当地主管税务机关申报纳税；经其授权的税务机关批准，总机构可以向总机构所在地主管税务机关汇总申报纳税。

与企业所得税不同，分支机构是增值税的独立纳税人。分支机构在当地缴纳增值税的，只能根据其销售额和可抵扣进项税额计算分支机构应缴纳的增值税。分支机构当期进项税额大于销项税额的，其差额不能从总机构当期应缴纳的增值税中抵扣。

因此，在分公司就地缴纳增值税的情况下，分公司员工提供的国内客运服务不能在总公司抵扣增值税。

二、分支机构不当场缴纳增值税。

(一)总公司不在同一县、市，而是在同一地区。

总公司不在同一个县市，而是在同一个省，总公司的增值税如何缴纳？

《财政部 关于固定业户总分支机构增值税汇总纳税有关政策的通知》税〔2012〕9号)规定，固定业户总支机构不在同一县(市)而在同一省(区、市)内的，经省(区、市政厅(局)、国家税务局批准，可以由总机构向总机构所在地主管税务机关申报缴纳增值税。

同一地区的总机构已经审批的，由总机构向总机构所在地主管税务机关申报缴纳增值税，分支机构无需当场缴纳增值税。总公司申报的销项税额实际上是总公司对外销售总额对应的销项税额，可抵扣的进项税额实际上是总公司共同发生的符合政策要求的对外采购总额对应的进项税额。

因此，如果总公司在同一地区，总公司向总公司所在地申报缴纳增值税，分公司员工的国内客运服务可以在总公司抵扣。

(二)总公司不在同一地区。

总部不在同一地区。一般情况下，增值税由总公司在当地缴纳。但情况并非绝对如此，有以下例外。

1.总行负责开户、收款和开具发票。

根据《关于纳税人以资金结算网络方式收取货款增值税纳税地点问题的通知》的规定，纳税人以总公司的名义在各地开立账户，通过资金结算网络向各地购货方收取销售款，总公司直接向购货方开具发票，不属于《关于企业所属机构间移送货物征收增值税问题的通知》(国税发〔1998〕137号)规定的收款机构向购货方开具发票并向购货方收取货款的两种情形之一，取得的应纳税所得额应在总公司所在地缴纳增值税。

根据上述规定，总公司符合上述条件，所有收入均应在总公司所在地缴纳增值税。相应的，分公司发生的各种费用对应的进项税也要从总公司扣除。

因此，在这种情况下，与总公司收入相匹配的进项税额(包括分公司员工国内客运服务对应的进项税额)可以在总公司抵扣。

2.分公司属于产品售后服务中心，内部研发amp; ampd中心、仓储中心等。不具备主要生产经营功能，不需要在当地缴纳增值税。

这种情况在实践中也很常见。为了节约成本，公司设立产品售后服务中心，

这种情况下，这种分支机构只是成本中心，没有收入，不需要在当地缴纳增值税。与总公司收入相匹配的进项税(包括分公司员工国内客运服务对应的进项税)也可以在总公司抵扣。