总结：一般纳税人提供贷款服务时可以开具增值税专用发票，但付款人不得抵扣。所以还是开个普通发票比较好。

《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》税〔2016〕36号)规定，纳税人应向索取增值税专用发票的购买方开具增值税专用发票，并在增值税专用发票上分别注明销售额和销项税额。

有下列情形之一的，不得开具增值税专用发票：

(一)向消费者销售服务、无形资产或者不动产。

(二)免征增值税规定的应税行为。

因此，提供贷款服务的纳税人不属于上述两种情形的，可以开具增值税专用发票。但根据文件规定，纳税人购买贷款服务取得的进项税额，不得从销项税额中扣除；纳税人接受贷款服务向贷款人支付的与贷款直接相关的投融资咨询费、手续费、咨询费等费用，不得在销项税额中抵扣。做购销贸易，开销售发票要客户的钱(成本垫付服务费)，毛利就是垫付服务费。

财税(2016)36号附件1 《销售服务、无形资产、不动产注释》规定：

各种占用和借入资金的收入，包括利息收入(含保本收入、报酬、资金占用费、补偿金等。)持有货物期间，信用卡透支利息收入、买入返售货物利息收入、融资融券利息收入、融资回租、票据议付、罚息、票据贴现、拆借等业务取得的利息和利息收入，按贷款业务征收增值税。

所以供应链管理公司为客户垫付资金，收取服务费。所谓“服务费”是一种利息收入，本质上是提供贷款服务，所以应该按照贷款服务缴纳增值税，按照贷款服务开具发票。由于贷款利息不能从进项税额中扣除，服务费可以开具发票。

供应链管理公司应当将预付款业务取得的债权按照是否具有追索权划分为不同类型的资产；收取的服务费(利息)确认为收入。

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