5元扣除职工手续费后的会计分录如下：

银行存款：5000元

应付员工工资：4995元

现金：5元

入门原则是先存银行，我们公司会给员工5000元，所以用银行存款来表示应付工资；然后支付员工工资，实际发生4995元；最后是现金，银行向我们公司收取5元手续费时，我们实际支付给员工的钱是4995元，所以我们用的是现金，金额是5元。

拓展知识：收付转账汇总分录是一种常见的会计分录，主要用于检查多笔收付转账的总金额是否正确，以保证账目的准确性。收款、付款和转账汇总分录通常涉及供应商和客户的多张发票和单据。当所有的账都收齐了，收支总额要平衡。如有差异，尽可能找出账间错误，处理后核对。